Перші спроби запровадження післядипломного навчання лікарів в Україні припадають на кінець 80-х років ХІХ століття і пов’язані з діяльністю Харківського медичного товариства (1861), коли в 1889 р. професор В.П. Крилов організував на базі Пастерівської станції та Харківського бактеріологічного інституту «повторяющиеся и демонстративные курсы» з бактеріології, «...имеющие своей ближайшей задачей ознакомление с причинами заразных болезней, свойствами заразы, способами передачи и распространения ее, равно как и с мерами борьбы с эпидемиями».

Менше ніж через десять років після цього в Києві професор В.К. Високович теж на базі Бактеріологічного інституту організував у 1897 р. систематичні курси з теоретичної та практичної бактеріології, а в 1901 р. — перші в Російській імперії курси з патологічної анатомії.

Таким чином, у витоків післядипломної медичної освіти стояли провідні вчені медичних факультетів Харківського і Київського університетів, однак заснування її спеціалізованого навчального закладу — сучасної Національної медичної академії післядипломної освіти імені П.Л. Шупика — стало можливим лише в період української державності (1917–1919), у часи відродження української освіти, науки і культури.

Створення такого спеціалізованого закладу було обумовлене суспільно-політичними процесами, які відбувалися в Україні після Жовтневої революції 1917 р., коли за короткий час вона пройшла декілька етапів своєї державності: від підданства Російській імперії через проголошену Українською Центральною Радою її національно-територіальну автономію, а в листопаді 1917 р. — Українську Народну Республіку, яка в січні 1918 р. заявила про свою незалежність і обрала першого президента, — до проголошення в квітні 1918 р. гетьманом П. Скоропадським Української держави.

Проте цей короткий історичний період ознаменувався відродженням української культури й освіти, в тому числі медичної. Саме за часів правління Української Центральної Ради, одним з пріоритетних напрямів у діяльності якої було формування системи національної освіти, у Києві 5 жовтня 1917 р. був заснований Український народний університет як початкова форма закладення основ вищої національної української школи, у тому числі її медичного відділу. Ідея створення цього навчального закладу належала Українському науковому товариству (1907), яке провело значну роботу в боротьбі з Тимчасовим урядом Росії за право заснування повноправного й повноцінного українського університету, а також із проросійським університетом Св. Володимира, який, як свідчить О.В. Корчак-Чепурківський (1928), не визнавав прав української нації на власний університет, доводячи, що для його створення українці не мають ні наукових сил, ні наукової мови.

Відкриття у складі Українського народного університету медичного факультету (1917) стало результатом національної боротьби з принципом примусової «єдиної неділимої Росії».

Прагнучи до розширення національної освіти, Українська Центральна Рада в березні 1918 р. накреслила план заснування мережі українських університетів на всій території України, який передбачав відкриття державних університетів у Києві, Кам’янці-Подільському та Катеринославі, а також народних університетів у Харкові, Сумах, Полтаві, Кременчузі, Черкасах, Житомирі, Вінниці й Чернігові, але не всім цим намірам довелося здійснитися.

Значним внеском короткого після Центральної Ради періоду гетьманського правління до скарбниці української науки і освіти стало відкриття 24 листопада 1918 р. Української академії наук, створеної на базі Українського наукового товариства, перейменування в липні 1918 р. Українського народного університету в Київський державний український університет, відкриття 22 жовтня 1918 р. такого ж університету в Кам’янці-Подільському.

Для організації медичної справи період гетьманату знаменний заснуванням 3 травня 1918 р. першого в історії України власного національного органу централізованого управління на рівні міністерства — Міністерства народного здоров’я і опікування (міністр — В.Ю. Любинський; знаходилося в найманому у Товариства швидкої допомоги приміщенні по вул. Рейтарській, 22) з підпорядкуванням йому наявних в Україні медичних закладів і кадрів.

Безпосередньо для вищої медичної освіти період гетьманського правління позначився принаймні двома важливими заходами: діяльністю у складі Українського народного університету (Київ) першого в Україні медичного факультету з українською мовою викладання, який існував паралельно з медичним факультетом університету Св. Володимира, а також заснуванням у листопаді 1918 р. першого і нового для України (у Петербурзі в 1885 р.) типу вищого навчального закладу — Клінічного інституту для удосконалення лікарів (далі — Інститут).

Показово, що у витоків його створення стояла медична громадськість — професійна Спілка київських лікарів, передові представники якої, вихованці медичного факультету університету Св. Володимира (М.А. Левитський, О.З. Лазарєв, Є.Л. Скловський, Г.Б. Биховський, І.Й. Фрумін та ін.), незважаючи на всі негаразди і труднощі тих часів, вбачали в організації підвищення кваліфікації лікарів одне з невідкладних завдань свого часу і стали одними із засновників закладу нового типу, першими його професорами.

Мета створюваного закладу досить чітко визначалася вже в першому його Статуті:

«1) Цель Клинического Института:

Клинический Институт Киевского Союза врачей является учебно-научным учреждением, цель которого — специализация врачей в области практической и теоретической медицины, прохождение общего медицинского стажа молодыми врачами, периодическая организация повторительных курсов для пополнения и освежения знаний врачей и, наконец, научная работа врачей в избранных ими областях» (Центральний державний архів вищих органів влади та управління України. Фонд 166, оп. № 2, спр. № 421, с. 48–55, 1921–1922).

Але поставивши перед собою таку мету, організатори Інституту вже на перших порах зіткнулися з труднощами створення його матеріальної бази. І знову на допомогу прийшла громадськість. Як свідчать архівні матеріали, у травні 1918 р. на загальному зібранні Спілки київських лікарів лікар Микола Миколайович Киселевич від імені одного з міських меценатів Н.Ф. Уварової запропонував «передать Союзу киевских врачей здание ликвидированного Сводного лазарета Красного Креста имени Ф.А. Терещенко на углу Бибиковского бульвара и Терещенковской улицы, 13/7, вместе с частью медицинского снабжения и хозяйственного оборудования в целях учреждения Клинического Института» (Центральний державний архів вищих органів влади та управління України. Фонд 166, оп. № 2, справа № 421, с. 90–90 зворотн., 1921–1922), що стало початком створення навчальних баз Інституту.

Головним осередком щодо формування Інституту стала обрана Спілкою лікарів організаційна комісія, яка провела значну роботу по «...сконструированию секций института, оборудованию и размещению медицинских кабинетов, приглашению врачей-консультантов, лекторов, преподавателей и амбулаторных врачей для участия в работе Института...». Комиссия получила, наконец, возможность 2 августа 1918 г. открыть (у приміщенні по бульв. Т. Шевченка, 13) показательную клиническую амбулаторию по всем специальностям, а также дневную и ночную поликлиники для выезда к больным на дом по вызовам через Институт» (Центральний державний архів вищих органів влади та управління України. Фонд 166, оп. № 2, справа № 421, с. 90–90 зворотн., 1921–1922).

Організаційна комісія завершила роботу 17 жовтня 1918 р. і передала справи Правлінню інституту, обраному на його загальних зборах у складі «председателя Правления, товарища председателя, двух членов Правления и секретаря». Першим головою Правління став професор М.А. Левитський (1918–1922). Академічні справи Інституту перебували у віданні Ради, «...состоящей из председателя, товарища председателя, ученого секретаря и всех заведующих секциями (отделениями) по специальности, а также членов жюри».

Так 100 років тому розпочав свою діяльність Клінічний інститут для удосконалення лікарів, сама назва якого передбачала, передусім, його клінічну спрямованість, що і визначалося першим складом його кафедр і курсів. Серед головних завдань Інституту професор М.А. Левитський визначав «...подготовку врачей в области теоретической и практической медицины, пополнение и освежение знаний молодых врачей, для достижения каковой цели организуются периодические повторительные курсы по всем специальностям, а также производятся практические научные работы, чем одновременно и оказывается авторитетная лечебная помощь широким массам населения Киева и его окрестностей...» (Центральний державний архів вищих органів влади та управління України. Фонд 166, оп. № 2, справа № 421, с. 90–90 зворотн., 1921–1922).

Слід віддати належне засновникам інституту, які ставили перед ним такі завдання, маючи в своєму розпорядженні лише одну поліклініку з обслуговування на дому і амбулаторію для хворих, які приходять самі; при поліклініці в 1918 р. було відкрито аптеку та хіміко-бактеріологічну лабораторію. У таких умовах Клінічний інститут став у витоків зародження системи післядипломної підготовки лікарів в Україні.

Педагогічний процес в Клінічному інституті на початку його існування складався з практичної роботи лікарів-курсантів в лікувальних установах і відвідування у вечірній час лекцій, щодо систематичних занятть, то вони розпочались в осінньому семестрі 1920 р., коли слухачами «знову відкритих повторювальних курсів» стали перші 117 лікарів. Цей період співпав з початком реформування вищої школи в Україні, внаслідок чого в лютому 1921 р. управління інститутом перейшло від Наркомздоров’я України до відання системи Укрголовпрофосвіти, зокрема Київського губернського відділу професійної освіти, а безпосереднє керівництво ним здійснювали новообрані Правління та Рада, які вперше розробили загальний план педагогічної діяльності інституту.

Наприкінці 20-х років інститут мав у своєму складі наступні кафедри: оториноларингології (1921, професор С. Є. Ставракі), дерматовенерології (1921, професор О. Г. Лур'є), терапії (1921, професор О. Б. Бернштейн), хірургії (1922, професор Г. Б. Биховський), патологічної анатомії (1922, професор І. Т. Тітов), нервових хвороб (1923, професор Б. М. Маньковський), ортопедії і травматології (1926, професор І. Й. Фрумін ), психіатрії (1927, к.мед.н. І. О. Залкінд), урології (1929, професор А. А. Чайка). Навчально-наукова діяльність інституту фінансувалася Наркомосвіти, лікувальна - Наркомздоров’я України, тобто в управлінні закладом існувало певне двовладдя.

Підводячи підсумки досягнень інституту за перші 10 років існування, відзначаючи його роль і місце в системі охорони здоров'я і окреслюючи перспективу, його директор професор О.Б. Бернштейн в 1928 р. підкреслював: «... У перші дні революційної епохи серед розрухи, голоду, епідемій було створено цей культурний осередок - один з етапів розвитку радянської медицини. Життя вимагало його існування, країна з ростом її культурних завдань вимагала наявності... озброєних знаннями хранителів здоров'я населення, і держава, при обмеженості своїх матеріальних ресурсів, всіляко прагнула підтримувати розвиток Київського інституту для удосконалення лікарів... За 10 років інститут перетворився на великий науково-навчальний заклад, що зміцнив знаннями вже понад 2500 лікарів, більше 1/4 всіх лікарів України ... (Праці клініки нервових хвороб Київського державного інституту для удосконалення лікарів. Т. I. Присвячується десятиріччю існування Інституту. К., 1928. С. 3-4).

Початок 30-х років ознаменувався завершенням корінної реорганізації вищої медичної школи України. 12 липня 1930 р. Раднарком УРСР видав постанову «Про реорганізацію вузів і втузів і передання їх до відання відповідних наркоматів», згідно з якою вища медична і фармацевтична освіта передавалися із системи Наркомпросу до відання Наркомздоров’я  України. Зосередження управління вищою медичною школою в одному відомстві стало переломним моментом в історії медичних вузів України і внесло суттєві зміни в діяльність інституту, перш за все, у визначення контингенту, що підлягає підвищенню кваліфікації, та її термінів. Якщо спочатку вказане регулювалось лише його першим Статутом, то Наркомздоров’я і партійно-урядові постанови початку 30-х років, зокрема, «Про медичні кадри» (1931) та «Про підготовку лікарів» (1934), ставили чіткі державні вимоги як до їх базової підготовки, так і до підвищення кваліфікації.

Згідно з новим Статутом (1931), інститут розподілявся на два сектори: адміністративно-організаційний і науково-навчальний. До складу останнього входили лікувально-профілактичний, санітарно-гігієнічний відділи, охматдит та відділ периферійної роботи, які в своїй основі заклали формування майбутніх факультетів. У свою чергу, відділ периферійної роботи складався з трьох бюро: методологічного, науково-консультативного та лекторського. Статутом вперше визначались і обов'язки курсантів: «Всі слухачі інститутів для вдосконалення після закінчення навчання зобов'язані були  відпрацювати на посадах за призначенням НКОЗ з розрахунку 1-1,5 місяці служби за 1 місяць навчання, але не менше одного року» (Центральний державний архів вищих органів влади та управління України. Фонд 342, № 3, Т.2, справа № 3287, з. 74-77). Крім того, урядовою постановою «Про укріплення сільської дільниці» (1938) вперше встановлювалось обов'язкове - раз на три роки - направлення на курси удосконалення лікарів із сільської місцевості, міських - раз у п'ять років.

Зростання потреб практичної охорони здоров'я, особливо сільської місцевості, і початок спеціалізації потребували подальшого розширення системи удосконалення знань для лікарів як з питань фундаментальних дисциплін, так і вузьких спеціальностей. Саме це і визначило профільність кафедр, створених (в хронологічному порядку) в Інституті протягом 30-х років (директори - О. Б. Бернштейн, 1922-1934; Л. М. Черняк, 1934-1941): щелепно-лицевої хірургії ( 1931, професор С. Н. Вайсблат), онкології (1932, професор Г.Б. Биховський), мікробіології (1932, професор М. Г. Беньяш), інфекційних хвороб (1934, професор А. М.Зюков), соціальної гігієни та організації охорони здоров'я (1935, К.Ф. Дупленко), фтизіатрії (1935, професор М. С. Морозовський), епідеміології (1935, професор С. Н. Ручковский), акушерства та гінекології (1935, професор В. Л. Лозинський), рентгенології (1936, доц. Н. Й. Шор), хірургії (1936, професор М. С. Коломійченко), судової медицини (1938, професор А. М. Гамбург), гігієни харчування (1939, Б. Л. Гордін), фармацевтичної хімії (1939, професор Я. А. Фіалков), технології ліків та клінічної фармації (1939, професор Г. А. Вайсман).

Довоєнний період характеризувався також суттєвим внеском вчених Інституту до скарбниці вітчизняної науки. Вчені інституту також були у витоків створення нових типів медичних установ. Так, професор Є.Л. Скловський був одним із засновників дитячих лікувально-профілактичних установ м. Києва, громадського руху «Крапля молока», професор Г.Б. Биховський в 1932 р. організував при Київському рентгенологічному інституті онкологічний диспансер і першу в Києві онкологічну клініку (1934), професор Г.Ф. Писемський став одним з організаторів колгоспних пологових будинків (1934), які отримали визнання в СРСР.

Таким чином, до початку війни в інституті нараховувалось 24 кафедри, але його діяльність не обмежувалася лише перепідготовкою в стінах вузу. Зростаюча потреба у підвищенні професійних знань призвела до зародження в довоєнний період  нової форми отримання знань шляхом наближення системи післядипломної освіти безпосередньо до виробництва. З цією метою на базах потужних на той час лікарняних установ Білої Церкви, Житомира, Коростеня, Черкас і Чернігова були створені як філії окремих кафедр, пункти підвищення кваліфікації лікарів на чолі з спеціально підготовленими в Інституті спеціалістами. Розширення учбово-матеріальної бази та профільності спеціалізації і перепідготовки лікарів інститут, який щорічно готував понад тисячу фахівців, став одним з найпотужніших медичних учбово-наукових закладів країни довоєнного часу.

У роки Другої світової війни інститут припинив свою діяльність, а його навчальна і матеріальна база були знищені під час тимчасової окупації Києва. Як і інші медики України, вчені Інституту внесли свій вагомий внесок у здобутки медицини воєнного періоду, а окремі з них проявили себе талановитими організаторами військової медицини. В історію назавжди увійшли імена головного терапевта Північно-Кавказького та І Українського фронтів - завідувача кафедри терапії професора В.Х. Василенка, головного хірурга евакопункту І Українського фронту, генерал-майора медичної служби, завідувача кафедри урології професора А.А. Чайки та багатьох інших.

Інститут відновив свою роботу на підставі Постанови Уряду України від 18 листопада 1943 р., виданої вже через два тижні після звільнення Києва. Перші кафедри (хірургії, нейрохірургії, ортопедії та травматології) почали діяти в 1944 р. на базі колишнього 408-го Окружного військового шпиталю та деяких лікувальних закладів міста, а першими слухачами стали фахівці евакошпиталів Міністерства охорони здоров'я.

На перших директорів інституту повоєнного часу (Я. А. Охріменко, 1943-1944; В.П. Комісаренко, 1944; І.І. Кальченко, 1944-1957) припали всі труднощі відбудовного періоду зі створення навчально-матеріальної бази для відновлення діяльності довоєнних кафедр та організації нових. Значну підтримку в цьому інститут отримав з боку Київської обласної лікарні, яку в 1944 р. Наркомздоров’я СРСР було затверджено в якості його навчальної бази і в котрій розмістилися переважна більшість клінічних кафедр та окремі теоретичні.

Наказом Народного Комісаріату охорони здоров'я СРСР від 21 березня 1944 р. були відновлені лікувальний і санітарно-гігієнічний факультети, а з 1945 р. почалася планова підготовка спеціалістів системи Міністерства охорони здоров'я.

У післявоєнні роки в інституті були створені кафедри: військово-медичної підготовки (1945, генерал-майор Л. Ф. Маслов), фізіотерапії і курортології (1945, професор А. Р. Киричинський), нейрохірургії (1945, професор О. І. Арутюнов), лікувальної фізкультури і лікарського контролю (1946, доц. С. М. Іванов), торако-абдомінальної хірурги (1955, професор М.М. Амосов). У 1953 р. якісний і кількісний склад кафедр поповнився за рахунок приєднання Київського інституту удосконалення провізорів, який існував з 1939 року, у складі кафедр: фармацевтичної хімії (професор Я. А. Фіалков), фармакогнозії і фармакології (доц. М.З. Міндлін), технології лікарських форм (професор Г. А. Вайсман). Створення нових кафедр та розширення профільності перепідготовки спеціалістів призвело до суттєвого зростання обсягу роботи Інституту: якщо в 1944 р. було підготовлено всього 486 чоловік, то план на 1953 р. перевищував 1600. 1957-1959 роки (директор - доц. В.Д. Братусь) були відзначені відкриттям кафедр медичної радіології (1957, професор О. О. Городецький), терапії №2 (1958, професор І. П. Лернер) і педіатрії №2 (1959, професор Є. Г. Городецька).

Наприкінці 50-х років інститут очолив професор М. Н. Умовіст, який займав цю посаду протягом 25 років (1959-1984). Цей період відзначений важливими подіями в житті Інституту, які наклали відбиток на всю його подальшу діяльність. Вони пов'язані, по-перше, із значним зростанням кількості кафедр, що обумовлювалось потребами практичної охорони здоров'я, яка взяла з початку 60-х років курс на розширення, удосконалення та підвищення якості спеціалізованої медичної допомоги. По-друге, починаючи з 1965 р. і протягом понад чверті століття (до 1991 р.), інститут був підпорядкований Міністерству охорони здоров'я СРСР, яке надало йому новий «інтернаціональний» статус, оскільки слухачами стали представники всіх країн СНД, хоча лікарі з України завжди складали майже половину всього контингенту курсантів.

Саме потреби практичної охорони здоров'я і визначили профільність кафедр, відкритих в інституті протягом 1960-1984 років: клінічної та лабораторної діагностики (1960), нервових хвороб №2 (1962), іноземних мов (1962), ортопедичної стоматології (1964), загальної і комунальної гігієни (1965), гастроентерології та дієтології (1965), радіаційної гігієни (1966), анестезіології та ревматології (1967), цивільної оборони (1968), гігієни токсикології і клініки отруєнь пестицидами (1968), дитячої психоневрології (1969), гематології та трансфузіології (1969), реабілітації, лікувальної фізкультури і мануальної терапії (1969), кардіології (1969), дитячої оториноларингології (1969), геронтології та геріатрії (1970), Центральної науково-дослідної лабораторії (1972), травматології, ортопедії і опікових травм (1974), торакальної хірургії та пульмонології (1975), дитячої стоматології (1977), неонатології (1977), дитячої дерматовенерології (1978), організації та економіки фармації (1978), функціональної діагностики (1978), терапевтичної стоматології №2 (1980), акушерства та гінекології №3 (1980), нервових хвороб №3 (1980), терапії №3 (1980), педіатрії №3 (1980), дитячої хірургії (1981).

До початку 90-х років інститут став одним з найбільших в СРСР і найпотужнішим в Україні навчальним закладом такого типу. Якщо в перший післявоєнний рік в ньому працювало всього 68 викладачів, у тому числі 19 професорів, 20 доцентів і 29 асистентів, то в ювілейному 2013 році в штаті більше 1600 співробітників, у тому числі понад 820 науково-педагогічних працівників, серед яких 220 докторів і 496 кандидатів наук.

Протягом 1985-1991 рр. (з 1984 р. ректор - професор В. М. Гирін), коли інститут ще знаходився у підпорядкуванні Міністерству охорони здоров'я СРСР, були створені кафедри вірусології (1985), клінічної імунології та алергології (1985), медичної інформатики та обчислювальної техніки (1986), швидкої та невідкладної медичної допомоги (1987), медико-соціальних проблем охорони матері і дитини (1988), неврології та рефлексотерапії (1988), дитячої анестезіології та реаніматології (1989), медичної генетики (1989), клінічної фармакології та фітотерапії (1990).

Новий період в діяльності інституту розпочався в жовтні 1991 р. після його повернення до системи МОЗ суверенної України, яке спричинило якісні зміни його статусу. В нових умовах, які співпали з початком проведення реформи медичної освіти в Україні, інститут зайняв пріоритетне положення в галузі післядипломної підготовки і перетворився в навчально-методичний центр МОЗ України з цієї проблеми. Окремі кафедри, наприклад, управління охороною здоров'я, медичної інформатики та обчислювальної техніки, були визначені МОЗ як провідні з відповідних проблем.

Відповідно до Концепції зазначеної реформи, орієнтованої на досягнення рівня підготовки лікарів у найбільш розвинених країнах світу, в 1992 р. були введені нові форми післядипломного навчання лікарів та провізорів, зокрема, передатестаційні цикли, очно-заочне навчання лікарів-інтернів, цикли підготовки з ряду спеціальностей керівників та викладачів інститутів і факультетів удосконалення лікарів медичних вузів. В умовах суверенної України були розроблені власні національні навчальні програми, розроблені і впроваджені в навчальний процес атестаційні комп'ютерні системи для інститутів аналогічного профілю в державі.

Після повернення інституту до системи МОЗ України було створено кафедри: серцево-судинної хірургії (1992), спортивної медицини і санології (1992), ендокринології (1992), дитячих інфекційних хвороб (1993), нефрології (1995), педагогіки і психологи (1995).

Нові вимоги, висунуті Концепцією реформування вищої медичної і післядипломної освіти, запити практичної охорони здоров'я та поява нових наукових напрямків в діяльності кафедр мали істотний вплив на їх кількість і якісну структуру. Нового статусу інститут набув після видання Кабінетом Міністрів України в п'яту річницю незалежності нашої держави постанови «Про створення Київської медичної академії післядипломної освіти» від 13 травня 1996 р., згідно з якою на його базі було створено навчальний заклад нового типу і вищого (ІV) рівня акредитації - єдина, до того часу, в Україні медична академія післядипломної освіти.

В ознаменування 80-річчя академії, згідно з Постановою Кабінету Міністрів України № 513 від 20 квітня 1998 року «Про увічнення пам'яті П. Л. Шупика», їй присвоєно ім'я видатного державного діяча і вченого - професора Платона Лукича Шупика (1907-1986), який двічі обіймав посаду Міністра охорони здоров'я України (1952-1954, 1956-1969), вніс вагомий вклад у розвиток навчальної, наукової та матеріальної бази академії, протягом 14 років (1965-1979) завідував кафедрою соціальної медицини та організації охорони здоров'я (тепер - кафедра управління охороною здоров'я).

Академія отримала статус Національної згідно з Указом Президента України В. А. Ющенка «Про надання Київській медичній академії післядипломної освіти імені П.Л. Шупика статусу Національної » від 27 березня 2006 року, № 236/2006 р.

Підсумовуючи шлях, пройдений від Клінічного інституту для удосконалення лікарів до першої в Україні Національної медичної академії післядипломної освіти імені П. Л. Шупика, слід підкреслити, що його гордістю завжди були наукові кадри. Свого часу тут працювали академіки, члени-кореспонденти академій наук М. М. Амосов, О. І. Арутюнов, В. Д. Братусь, В. Х. Василенко, А. С. Єфімов, Д. М. Калюжний, Г. В. Книшов, В. П. Комісаренко, Б. М. Маньківський, О. М. Марзєєв, Л. І. Медведь, Л. В. Тимошенко, Д. Ф. Чеботарьов, О. О. Шалімов, Ф. Р. Богданов. Нині в академії працюють академіки та члени-кореспонденти НАН і НАМН України  В. І. Козявкін, Ю. В. Вороненко (ректор академії з 2002), М. Г. Шандала, Л. А. Пиріг, М. Д. Тронько, Ю. І. Фещенко, М. Є. Поліщук та багато інших видатних учених.

Серед працівників академії – 7 академіків і 18 членів-кореспондентів НАМН і 3 члени-кореспонденти НАН України, 3 академіки АН Вищої школи України, 32 заслужених діячі науки і техніки України, 36 лауреатів Державної премії України в галузі науки і техніки, 71 заслужений лікар України, 3 заслужених працівники освіти України, 3 заслужених раціоналізатори та винахідники України, 7 заслужених працівників охорони здоров’я України, 2 заслужених працівники фармації України.

Засновниками нових в Україні наукових шкіл стали вчені академії М. М. Амосов, Ю. П. Вдовиченко, І. М. Ганжа, О. А. Євдощенко, Є. В. Коханевич, Ю. В. Вороненко, Є. Л. Мачерет, О. П. Мінцер, М. Є. Поліщук, М. М. Сергієнко, Л. В. Тимошенко, А. І. Тріщинський, О. О. Шалімов та інші.

Одним із пріоритетів академії є спадкоємність наукових знань. Ще перебуваючи в ранзі інституту, наш заклад вперше отримав право захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня кандидата медичних наук (1963), а з 1967 – доктора медичних наук. Нині в академії функціонують 11 спеціалізованих вчених рад із захисту докторських і кандидатських дисертацій з 17 спеціальностей, а саме: внутрішніх хвороб; нервових хвороб; хірургії; акушерства і гінекології, анестезіології та інтенсивної терапії; травматології та ортопедії; судової медицини; технології ліків та організації фармацевтичної справи та судової фармації; фармацевтичної хімії і фармакогнозії; очних хвороб; променевої діагностики та променевої терапії; загальної практики – сімейна медицина; соціальної медицини; стоматології; медичної і біологічної інформатики та кібернетики.

З 2008 року НМАПО імені П. Л. Шупика – колективний член Європейської академії природничих наук. Визначною подією стало підписання 2016 р. угоди про співпрацю між НМАПО імені П. Л. Шупика та лідером європейського медичного освітнього простору Каролінським інститутом (Швеція). 

З 2017 р. - член Великої хартії університетів (Magna Charta Universitatum).

2018 р. Академія стала членом Організації з PhD програм у біомедицині та медичних науках у Європі (ORPHEUS) та здобула сертифікат Recognized for Excellence 5 stars у системі досконалості EFQM.